Проведя ночь в бомбоубежище, на следующий день он вернулся в свой родной город, Нагасаки, и подвергся воздействию второго атомного взрыва.
Ямагути до начала 2010 года оставался последним живым человеком, официально признанным жертвой сразу двух упомянутых бомбардировок.
На момент смерти от рака желудка ему было 93 года.