Йозеф Менгеле начал лично руководить осмотров прибывающих узников в «Освенцим». Только по внешнему виду он отсеивал немощных и больных, которые сразу уничтожались в газовых камерах. Для экспериментов он тщательно отбирал детей, особенно близнецов — их них не выжил никто.
Кроме того, Йозеф Менгеле проводил эксперименты и над взрослыми: испытывал выносливость женщин высоким напряжением, кастрировал мужчин без наркоза (мальчиков также). «Доктор Смерть» анатомировал живых младенцев и отправлял их органы в Немецкий институт биологических исследований.
Поразительно то, что Йозеф Менгеле сумел избежать наказание. Буквально за несколько дней до освобождения «Освенцима» он эвакуировался в Берлин, а в дальнейшем перебрался в Южную Америку, где регулярно менял адрес проживания опасаясь возмездия.
После ареста Адольфа Эйхмана в 1960 году Йозеф Менгеле стал самым разыскиваем нацистским преступником в мире, однако его так и не удалось поймать. Он умер 7 февраля 1979 года в Сан-Пауло (Бразилия) захлебнувшись во время купания из-за внезапного инсульта.